Κυρίαρχος στόχος του Προγράμματος Σπουδών, είναι η εκπαίδευση επιστημόνων ικανών στην ανάπτυξη, εφαρμογή και μετάδοση τεχνογνωσίας και τεχνολογικών καινοτομιών, σχετικά με την παραγωγή, μεταποίηση και διάθεση των υδατικών οικοσυστημάτων, βιοτικών και αβιοτικών πόρων και γενικότερα του υδατικού περιβάλλοντος.