To Τμήμα διαθέτει πέντε θεσμοθετημένα εργαστήρα:
- Υδροβιολογίας – Ιχθυολογίας (εΥΙ)
- Θαλάσσιας Βιολογίας
- Υδατοκαλλιεργειών
- Εμπορίας & Τεχνολογίας Αλιευτικών Προϊόντων και Τροφίμων
- Οικοϋδραυλικής & Διαχείρισης Εσωτερικών Υδάτων
- ΓΕΝΙΚΟ-ΕΓΧΕΙΡΙΔΙΟ-ΓΙΑ-ΑΣΦΑΛΕΙΑ-ΣΤΑ-ΕΡΓΑΣΤΗΡΙΑ